Imagej Soglia Binario Options

Sei sicuro che le piccole e grandi regioni si vuole separare contenere intensità dei pixel di 255, e lo sfondo ha intensità di 0 In caso contrario, o invertire la vostra immagine o impostare una soglia adeguata (IJ. setThreshold (imp, 0, 128)) e poi convertirlo in binario (IJ. run (imp, quotConvert a Maskquot, quotquot)). ndash Jan Eglinger 17 ottobre 13 al 14:43 Si dovrebbe cercare di integrare un sistema di elaborazione come ImageJ nel codice Java. Ive fatto prima ed è abbastanza semplice. Ha un sacco di plugin che altri hanno creato che è quindi possibile integrare nel vostro codice Java. Per un esempio su come integate ImageJ in te applicazione dare un'occhiata a questo link. Essi danno un chiaro esempio di come farlo. Poi, il suo solo un caso di trovare i passaggi corretti per ottenere ciò che si desidera. Si può praticare prima con l'interfaccia grafica e quindi codificare i passi. Ricerca per le operazioni morfologiche. In questo caso si è interessati in funzione Apri. Che è mix di erosione e dilatazione. Per inizio posso consigliare questa guida. Attuazione di tali filtri è abbastanza facile. Se siete preoccupati per le prestazioni, si dovrebbe guardare in filtro separabilità. Un'altra opzione sarebbe di usare OpenCV, che ha API Java. Ma ho usato solo API C, così si dovrebbe consultare la documentazione. risposto 11 ottobre 13 alle 11:55 Id piuttosto suggerire utilizzando MATLAB Builder JA. Si avvolge funzioni di MATLAB per essere utilizzato al di fuori di MATLAB in un programma Java e non avete bisogno in seguito MATLAB per eseguire il programma Java. Hai bisogno di fare una funzione di MATLAB: se solo BWAREAOPEN, poi avvolgerla nella propria funzione, ad esempio: la funzione fuori mybwareaopen (in) Poi fare un file JAR con MATLAB Builder JA, e chiamare il metodo mybwareaopen in java. What fare il diverso comandi binari fare questo sottomenu contiene i comandi che elaborano immagini binarie (in bianco e nero). Questi comandi presuppongono da oggetti predefiniti sono neri e lo sfondo è bianco. Vedere questa FAQ su come impostare il valore predefinito di sfondo nero e oggetti bianchi. Converte le immagini in immagini in bianco e nero. Il livello di soglia è determinata analizzando l'istogramma della selezione corrente, o dell'intera immagine se non vi è alcuna selezione. Vedere questa FAQ che descrive l'algoritmo utilizzato. Se lo strumento ImagegtAdjustgtThreshold è attiva, una finestra di dialogo pop-up che consente di specificare quali pixel sono impostati per il colore di sfondo, e che per il colore di primo piano e se lo sfondo è nero e il primo piano è bianco. si prega di aggiornare quanto sopra non può essere completamente corrette con Stacks, tutte le immagini nella pila vengono convertiti in binario utilizzando la soglia calcolata della fetta attualmente visualizzata. Utilizzare la macro ConvertStackToBinary per convertire una pila a binario utilizzando soglie calcolate a livello locale. Converte le immagini in immagini in bianco e nero in base alle impostazioni della soglia di corrente. Con thefault, la maschera avrà un LUT di inversione (il nero è 255 e il bianco è 0), ma crea sfondo nero (0) maschere se Sfondo nero è selezionata nella finestra di dialogo ProcessgtBinarygtOptions. aggiorna, quanto sopra non può essere completamente corretta Determina la massimi locali in un'immagine e crea un'immagine binaria (maschera-like) della stessa dimensione con i massimi, o una particella segmentato per massima, contrassegnata. Per le immagini RGB, massimi di luminanza vengono selezionati, con la luminanza definito come media ponderata o non ponderata dei colori a seconda delle impostazioni EditgtOptionsgtConversions. Questo comando è basato su un plugin contributi di Michael Schmid. Una finestra di dialogo viene visualizzata con le seguenti opzioni: Noise Tolerance - Maxima vengono ignorati se non si distinguono dai dintorni di oltre questo valore (unità calibrate per le immagini calibrate). In altre parole, la soglia è fissata a tolleranza massima valore meno rumore e la zona contigua intorno massima al di sopra della soglia viene analizzato. Per accettare un massimo, quest'area non deve contenere alcun punto con un valore superiore a quello massimo. Solo è accettato un massimo all'interno di questa area. Singoli punti - crea un'immagine in uscita con un unico punto per la massima. Maxima entro la tolleranza - Crea un'immagine di uscita con tutti i punti entro la tolleranza del rumore per ciascun massima. Particelle segmentati - presuppone che ciascun massima appartiene ad una particella e segmenti l'immagine da un algoritmo bacino applicato ai valori dell'immagine (in contrasto ProcessgtBinarygtWatershed, che utilizza la mappa distanza euclidea). Selezione punto - Consente di visualizzare una selezione multi-point con un punto ad ogni massimo produce alcuna immagine in uscita separata. Conte - Visualizza il numero di massimi nella finestra Risultati produce alcuna immagine in uscita. Escludere bordo Maxima - Esclude Maxima se l'area entro la tolleranza rumore circostante un massimo tocca il bordo dell'immagine (bordo della selezione non ha importanza). Background Luce - Permette le immagini di lavorazione che hanno sfondo chiaro e oggetti scuri. Sopra soglia inferiore - (Questa opzione è disponibile solo immagini thresholded) trova massimi solo sopra la soglia più bassa. La soglia superiore dell'immagine viene ignorato. Se segmentati particelle è selezionato come tipo di output. l'area sotto la soglia inferiore è considerata uno sfondo. Questa opzione funziona solo quando trovare massimi del valore di pixel in senso matematico, cioè background e LUT o sfondo luminoso non invertente e invertendo scuro LUT. Anteprima Selezione punto - Mostra la Maxima con i parametri correnti come una selezione multi-point sovrapposta all'immagine. Se questa opzione è selezionata, il numero di massimi trovato viene visualizzato anche nella finestra di dialogo. Per i tipi di output singoli punti. Maxima entro la tolleranza e segmentato particelle. uscita è un'immagine binaria, con in primo piano 255 e lo sfondo 0, utilizzando una LUT invertita o normale a seconda dell'opzione sfondo nero in ProcessgtBinarygtOptions. Il numero di particelle (come ottenuto per analizzare particelle) nell'immagine di uscita non dipende dal tipo di uscita selezionato. Si noti che segmentato particelle provocherà solitamente particelle che toccano il bordo se è stato selezionato da escludere bordo Maxima. Esclusione bordo Maxima applica al massimo, non particella. Trova Maxima applicato a un'immagine rumoroso con diverse opzioni (Escludere bordo Maxima selezionato). Trova Maxima non funziona su pile, ma la macro FindStackMaxima viene eseguito su tutte le immagini in una pila e crea una seconda pila che contiene le immagini in uscita. Sostituisce ogni pixel con il valore minimo (più chiaro) nella zona 3times3. Con le immagini binarie, rimuove pixel dai bordi degli oggetti neri. Sostituisce ogni pixel con il valore massimo (più scuro) nella zona 3times3. Con le immagini binarie, aggiunge pixel ai bordi degli oggetti neri. Esegue un'operazione di erosione, seguita da dilatazione. Con le immagini binarie, questo leviga oggetti e rimuove pixel isolati. Esegue un'operazione di dilatazione, seguita da erosione. Con le immagini binarie, questo leviga oggetti e riempie in piccoli fori. Il comando ha un trattino tailing per differenziarlo da file vicino. Visualizzare una finestra di dialogo che permette diverse impostazioni utilizzate dai comandi nel sottomenu binario che deve essere modificato. Iterazioni specifica il numero di volte che vengono eseguite erosione, dilatazione, apertura e chiusura. Count specifica il numero di pixel di sfondo adiacente necessario prima di un pixel viene rimosso dal bordo di un oggetto durante l'erosione e il numero di pixel di primo piano adiacenti necessarie prima di un pixel viene aggiunto al bordo di un oggetto durante la dilatazione. Controllare Sfondo nero se l'immagine ha oggetti bianchi su sfondo nero. Se Pad bordi quando erodendo è selezionata, ProcessgtBinarygtErode non erodere dai bordi dell'immagine. Questa impostazione influisce anche ProcessgtBinarygtClose. che erode dai bordi a meno che non si seleziona questa casella di controllo. Uscita EDM determina il tipo di output per il ProcessgtBinarygtDistance mappa. Ultimate Points e comandi di Voronoi. Impostare a sovrascrivere per l'uscita a 8 bit che sovrascrive l'immagine di ingresso a 8 bit. 16-bit o 32-bit per immagini di uscita separate. uscita 32-bit è in virgola mobile (subpixel) Risoluzione distanza. Genera un ampio profilo di un pixel di primo piano oggetti (nero) in una immagine binaria. La linea viene disegnata all'interno dell'oggetto, cioè su precedenti pixel in primo piano. rimuove ripetibile pixel dai bordi di oggetti in un'immagine binaria finché non si riducono ad ampie scheletri singolo pixel. Gli oggetti sono assunti come nero e sfondo bianco. Si noti che esistono molti algoritmi skeletonizing. Genera una mappa distanza euclidea (EDM). Ogni pixel di primo piano nell'immagine binaria viene sostituito con un valore di grigio uguale a quella distanza pixel039s dallo sfondo pixel più vicino. Utilizzare ProcessgtBinarygtOptions per impostare il colore di sfondo (nero o bianco) e il tipo di uscita quando si seleziona la sovrascrittura o l'uscita a 8 bit, nota che le distanze più grandi di 255 sono etichettati come 255. genera i punti erosi finale (UEPS) della EDM. Richiede una immagine binaria come input. I UEPS rappresentano i centri di particelle che potrebbero essere separati mediante segmentazione. Il valore di grigio UEP039s è uguale al raggio del cerchio inscritto della particella corrispondente. Utilizzare ProcessgtBinarygtOptions per impostare il colore di sfondo (nero o bianco) e il tipo di uscita. la segmentazione dei bacini idrici della mappa distanza euclidea (EDM) è un modo di separare o tagliare a pezzi le particelle che toccano automaticamente (separazione dei bacini di un'immagine in scala di grigi è disponibile tramite il comando Trova Maxima.). Il comando dei bacini richiede un'immagine binaria contenente particelle nere su uno sfondo bianco. Si calcola dapprima la mappa distanza euclidea e trova i punti erosi finale (UEPS). Quindi dilata ciascuno dei UEPS (i picchi o massimi locali della EDM) per quanto possibile - o fino al raggiungimento del bordo della particella, o il bordo della regione di un altro (crescente) UEP. la segmentazione dei bacini funziona meglio per gli oggetti convessi lisce che don039t sovrappongono troppo. Ecco un'animazione che mostra come funziona spartiacque segmentazione. Divide l'immagine da linee di punti che hanno uguale distanza ai confini delle due particelle vicine. Pertanto, la cella Voronoi di ogni particella include tutti i punti che sono più vicini a questa particella di qualsiasi altra particella. Per quanto riguarda le particelle essendo singoli punti, questa è una tassellazione Voronoi (noto anche come Dirichlet tassellatura). In uscita, il valore all'interno delle celle Voronoi è pari a zero i valori dei pixel delle linee di demarcazione tra le cellule sono pari alla distanza delle due particelle vicine. Questo è simile a un asse mediale trasformano dello sfondo, ma non ci sono linee di fori interni delle particelle. Scegliere il tipo di output (sovrascrittura, 8-bit, 16-bit o 32-bit) e il colore di sfondo (nero o bianco vale sia per ingresso e uscita) nella finestra di dialogo ProcessgtBinarygtOptions. middot guiprocessbinary. txt Ultima modifica: 20.100.126 11:07 (modifica esterna) Questo sottomenu contiene i comandi che regolano brightnesscontrast, windowlevel, bilanciamento del colore, livelli di soglia e le dimensioni ImageCanvas. Utilizzare questo strumento per modificare interattivamente la luminosità e il contrasto dell'immagine attiva. Con immagini a 8 bit, luminosità e il contrasto sono cambiati aggiornando il look-up table image039s (LUT), quindi i valori dei pixel sono invariati fino a quando si preme il pulsante Applica. Con immagini a 16 bit e 32-bit, il display viene aggiornato cambiando la mappatura da valori dei pixel a valori di visualizzazione a 8 bit, quindi i valori dei pixel dei pixel sono anche invariati. La luminosità e il contrasto delle immagini RGB sono cambiati modificando i valori dei pixel. Press shift-C per aprire la finestra BampC il modo semplice e veloce. Se si è già aperto, viene attivato. Il grafico a linee nella parte superiore della finestra, che ci sovrapposta l'istogramma image039s, mostra come i valori dei pixel vengono mappati (0-255) valori di visualizzazione a 8 bit. I due numeri sotto la trama sono i valori massimi visualizzati pixel minimo e massimo. Questi due valori definiscono il campo di visualizzazione, o finestra. ImageJ visualizza le immagini mappando linearmente i valori dei pixel nel campo di visualizzazione per visualizzare i valori nella gamma 0-255. I pixel con un valore inferiore al minimo vengono visualizzati come neri e quelli con un valore maggiore del massimo vengono visualizzati come bianco. Ci sono quattro cursori. Minimo e Massimo controllo i limiti inferiore e superiore del campo di visualizzazione. Luminosità Aumenta o diminuisce la luminosità dell'immagine spostando il campo di visualizzazione. Contrasto aumenta o riduce il contrasto variando la larghezza del campo di visualizzazione. Tanto più il campo di visualizzazione, più alto è il contrasto. Clicca su Auto. e ImageJ si ottimizza automaticamente la luminosità e il contrasto sulla base di un'analisi del istogramma image039s. Creare una selezione, e l'intera immagine sarà ottimizzato sulla base di un'analisi della selezione. L'ottimizzazione è fatto da consentire una piccola percentuale di pixel dell'immagine si saturi (visualizzato come bianco o nero). Ogni clic supplementare Auto aumenta il numero di pixel saturi e quindi la quantità di ottimizzazione. Clicca su Reset per ripristinare le impostazioni di luminosità e contrasto originali. La gamma di display è impostato completamente su campo di valori dei pixel dell'immagine. A resetMinAndMax () chiamata di macro viene generato se il registratore comando è in esecuzione. Clicca su Imposta per immettere i valori massimo intervallo di visualizzazione minimo e in una finestra di dialogo. A setMinAndMax () chiamata di macro viene generato se il registratore comando è in esecuzione. Controllare propagare a tutte le immagini aperte per applicare questi valori al resto delle immagini attualmente aperte. Clicca su Applica per applicare la funzione corrente di mappatura campo di visualizzazione per i dati dei pixel. Se c'è una selezione, solo i pixel all'interno della selezione vengono modificate. Questa opzione attualmente funziona solo con le immagini e le pile a 8 bit e con le pile RGB. Questa è l'unica opzione BampC che altera i dati dei pixel delle immagini non RGB. Per le immagini composite si propaga l'attuale campo di visualizzazione image039s agli altri canali. Questo comando altera in modo interattivo la finestra (gamma di minimo e massimo) e il livello (posizione di tale intervallo nello spazio intensità scala di grigi) dell'immagine attiva Cliccare su Auto. e ImageJ si ottimizza automaticamente la finestra e il livello sulla base di un'analisi del istogramma image039s. Creare una selezione, e l'intera immagine sarà ottimizzato sulla base di un'analisi della selezione. L'ottimizzazione è fatto da consentire una piccola percentuale di pixel dell'immagine si saturi (visualizzato come bianco o nero). Ogni clic supplementare Auto aumenta il numero di pixel saturi e quindi la quantità di ottimizzazione. Clicca su Reset per ripristinare le impostazioni di luminosità e contrasto originali. La gamma di display è impostato completamente su campo di valori dei pixel dell'immagine. A resetMinAndMax () chiamata di macro viene generato se il registratore comando è in esecuzione. Clicca su Imposta per accedere al livello della finestra (al centro) e valori di larghezza in una finestra di dialogo. A setMinAndMax () chiamata di macro viene generato se il registratore comando è in esecuzione. Controllare propagare a tutte le immagini aperte per applicare questi valori al resto delle immagini attualmente aperte. Per le immagini a 8 bit (8 bit in scala di grigi, le immagini RGB o pile), fare clic su Applica per modificare i dati di immagine in modo da riflettere le impostazioni correnti. Questo pannello consente di regolare la luminosità e il contrasto di un singolo colore di un'immagine standard RGB (8 bit per canale di colore). Utilizzare la selezione per specificare quale colore sarà regolata l'istogramma viene disegnato per il colore selezionato. (Per le immagini a colori a 48 bit che caricano come una pila, anche lo strumento ImagegtAdjustgtBrightnessContrast lavora su fette unico stack, cioè i colori, e le impostazioni di colore del pannello Bilanciamento colore vengono ignorati). I cursori minimo e massimo controllo i limiti inferiori e superiori della gamma di visualizzazione. Luminosità Aumenta o diminuisce la luminosità dell'immagine spostando il campo di visualizzazione. Clicca su Auto. e ImageJ ottimizzerà automaticamente la luminosità e il contrasto del colore selezionato sulla base di un'analisi del istogramma image039s. cliccando ripetuta su Auto restringe il campo di visualizzazione, cioè aumenta il contrasto e saturazione del colore. Ripristino ritorna il campo di visualizzazione di 0-255 per le immagini con 8 bit per canale o range di display per le immagini a 16 bit e 32 bit. Clicca su Imposta per immettere i valori massimo intervallo di visualizzazione minimo e in una finestra di dialogo. Controllare propagare a tutte le immagini aperte per applicare questi valori al resto delle immagini attualmente aperte. Per le immagini a 8 bit (8 bit in scala di grigi, le immagini RGB o pile), fare clic su Applica per modificare i dati di immagine in modo da riflettere le impostazioni correnti. Quando si passa da un colore ad un altro, le modifiche apportate ad un colore andranno perse se si fa clic su Applica prima. Utilizzare questo strumento per impostare interattivamente valori di soglia inferiore e superiore, segmentando l'immagine in caratteristiche di interesse e lo sfondo. I pixel con valori di luminosità maggiori o uguali alla soglia inferiore e inferiore o uguale alla soglia superiore sono visualizzati in rosso. Utilizzare AnalyzegtMeasure (con limite di soglia in AnalyzegtSet Misure controllato) per misurare l'aggregato delle funzioni selezionate. Utilizzare AnalyzegtAnalyze particelle per misurare le caratteristiche singolarmente. Utilizzare lo strumento bacchetta di delineare una singola caratteristica. Utilizzare il cursore superiore per regolare il valore di soglia minimo e quello inferiore per regolare la massima. Tenere premuto il tasto Alt mentre si regola il minimo per spostare una larghezza fissa della finestra di soglia su tutta la gamma di valori di grigio (simile a livello, sopra). Il pulsante Auto imposta automaticamente i livelli di soglia sulla base di un'analisi del istogramma dell'immagine o alla selezione corrente. Applicare set pixel thresholded in bianco e tutti gli altri pixel al bianco. Tuttavia, se ProcessgtBinarygtOptionsgtBlack Sfondo è selezionata, i pixel thresholded sono impostati su bianco e tutti gli altri pixel al nero. Ripristino disabilita soglia e aggiorna l'istogramma. Red mostra i valori thresholded in rosso. Nero amp bianco commuta ad un modo in cui funzioni vengono visualizzate in bianco e sfondo bianco, mentre r OverUnde mostra pixel in blu (inferiore alla soglia bassa) o in grigio (maggiore del valore massimo di soglia). Clicca su Imposta per entrare in nuovi livelli di soglia in una finestra di dialogo. Scala l'immagine attiva o la selezione di una larghezza specificata e l'altezza in pixel. Controllare Vincola proporzioni per creare un'immagine con il specificato larghezza e hanno ImageJ regolare l'altezza per mantenere le proporzioni originali. Controllare Interpolare di utilizzare l'interpolazione bilineare. Impostare la nuova larghezza a 0 per creare un'immagine con l'altezza specificata e hanno ImageJ regolare la larghezza di mantenere le proporzioni originali. Modifica le dimensioni della tela di un'immagine o di stack senza scalare l'immagine reale. La larghezza e l'altezza possono essere sia ampliati o ridimensionati. Se la dimensione della tela è aumentata, allora il confine viene riempita con il colore di sfondo corrente. O, se Zero Fill è selezionata, il confine è pieno di pixel che hanno un valore pari a zero. Utilizzare lo strumento ImagegtColorgtColor Selettore per modificare il colore di sfondo. La posizione della vecchia immagine all'interno della nuova tela può anche essere specificato (centro, in alto a sinistra, ecc). middot guiimageadjust. txt Ultima modifica: 20.110.513 23:18 da awells